Antibiorsistance : les scientifiques appellent l’action


La pollution pharmaceutique dans un contexte d’augmentation de l’antibiorsistance souligne l’importance d’une approche One Health. Retour sur les derniers rsultats de recherche et des leviers pour agir lors d’une journe organise par Inrae et le Graie.

La crise de la Covid-19 a montr l’importance d’intgrer les sants humaine, animale et environnementale au sein d’une mme approche. Cette vision unifie One Health est galement capitale en matire de lutte contre l’antibiorsistance. Nous pouvons considrer l’environnement comme un rservoir inpuisable de gnes de rsistance, a ainsi point Didier Hocquet, microbiologiste clinique au CHU de Besanon, lors d’une journe sur la contamination des milieux aquatiques par des substances pharmaceutiques, organise par le ple eau et territoires du Graie et l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (Inrae). Car, bien avant l’utilisation massive des antibiotiques, les bactries ont su se doter de mcanismes de rsistance. Un groupe de chercheurs a ainsi rcemment constat que la prsence d’un champignon producteur d’un antibiotique la mthicilline – sur la peau des hrissons avait ouvert la voie des bactries rsistantes ce dernier. Les micro-organismes insensibles la mthicilline passant ensuite aux vaches et aux animaux domestiques, puis l’homme.

Aujourd’hui, le contexte de forte demande d’antibiotiques notamment en France a cr un environnement particulirement favorable l’apparition d’antibiorsistances. Et a provoqu une pollution de l’environnement. Le lien est en effet trs fort entre la consommation de mdicaments et leur prsence dans le milieu. Une tude rgionale de l’agence de l’eau Seine-Normandie a montr, par exemple, que la part de la quantit de mdicaments vendus retrouve dans la Seine peut atteindre 15% pour la clarithromycine, sans compter les mtabolites , a notamment indiqu Pierre-Franois Staub, charg de mission pollution des cosystmes et mtrologie l’Office franais de la biodiversit (OFB). Car si les stations d’puration traitent bien une partie des mdicaments, elles en laissent galement sortir certains. Des projets de recherche se sont ainsi intresss la contamination pharmaceutique dans les milieux. Ils montrent que certains rsidus sont bien abattus lors de leur passage dans une station d’puration, comme l’aspirine ou le paractamol. Mais d’autres chappent au traitement, dont des antibiotiques comme la ciprofloxacine.

Une contamination pharmaceutique gnralise

Et dsormais, la contamination pharmaceutique des milieux aquatiques est un problme mondial. Dans la rcente tude internationale de Wilkinson et al., seuls quatre bassins sur 137 en Amazonie, en Islande, et Norvge sont exempts des 61 rsidus de mdicaments recherchs, a indiqu Pierre-Franois Staub. Les trois bassins franais de cette tude dont la Seine, Paris sont situs un peu en dessous de la mdiane mondiale en termes de pollution cumule. Selon ces travaux, dans prs d’un quart des sites surveills, les concentrations de mdicaments prsents dans les rivires dpasseraient les niveaux recommands pour prserver la biodiversit aquatique ou se prmunir des phnomnes d’antibiorsistance.

Ce dernier point reste toutefois mal apprhend. Des scientifiques s’efforcent donc de mieux comprendre les mcanismes mis en uvre dans l’environnement et qui jouent un rle dans l’apparition et la diffusion des rsistances bactriennes dans un contexte europen. Les projets Sipibel et Pandore, par exemple, utilisent des biofilms comme sentinelles et valuent l’acquisition d’antibiorsistance par les bactries. Les biofilms sont constitus d’une communaut bactrienne qui vit ensemble et coopre plus ou moins. Ils adhrent des plantes, des rochers, a prcis Jrme Labanowski, charg de recherche CNRS dans l’quipe E-Bicom(eaux, biomarqueurs, contaminants organiques, milieux). Les scientifiques ont recherch des antibiotiques dans les biofilms prlevs dans la rivire Arve (Haute-Savoie), dans l’Orge (au sud de Paris) et dans le Clain (Poitiers), en amont et en aval de stations d’puration. En conclusion, de nombreux antibiotiques sont largement prsents, quelle que soit la priode. Toutefois, la contamination est plus importante au plus prs des sources de rejets, a expos Jrme Labanowski. Nous avons voulu relier l’imprgnation des biofilms la prescription de mdicaments grce des donnes de l’assurance maladie, mais les tendances ne se superposent pas.

Les chercheurs ont alors essay de savoir si les concentrations retrouves taient suffisamment leves pour permettre la slection et le dveloppement de bactries rsistantes aux antibiotiques. En amont des stations d’puration, en thorie, nous pourrions penser que les niveaux de concentrations n’entranent pas de slection. Mais pour certains antibiotiques, nous nous sommes rendus compte que c’tait le cas, par exemple la Lvofloxacine, a dtaill Jrme Labanowski. En aval, la concentration qui provoque la slection est prsente plusieurs mois au cours de l’anne. Ce qui alerte sur le risque.  Les antibiotiques plus particulirement concerns sont ceux de la classe des fluoroquinolones (lvofloxacine et ciproflaxine) et des macrolides (azithromycine et clarithromycine).

Des situations d’exposition limites en Europe

Toutefois, dans les milieux occidentaux, nos contacts avec un environnement ou une situation extrme d’exposition majeure sont limits, a soulign Didier Hocquet, microbiologiste clinique au CHU de Besanon. Quand une bactrie rsistante est relargue dans l’environnement, par exemple E. coli rsistante des antibiotiques de dernire gnration, elle survit peu dans l’environnement: sa concentration 3 ou 5km en aval d’une station d’puration est quivalente celle en amont. Dans l’eau souterraine, nous n’en retrouvons quasiment jamais. 

Des scientifiques se sont aussi intresss au risque de contamination humaine par des bactries rsistantes prsentes dans l’environnement en analysant des chantillons d’eau de baignade, en Angleterre et au Pays de Galles. Ils ont, dans le mme temps, estim les risques d’ingestion d’eau et ralis une tude pidmiologique sur des baigneurs et des surfeurs. Leurs conclusions: par rapport au reste de la population, les surfeurs anglais seraient quatre fois plus contamins par des bactries E. coli rsistantes. Cette transmission resterait toutefois faible. Dans les pays occidentaux, les trois quarts des E.coli rsistantes aux cphalosporines de troisime gnration qui nous parviennent viennent de transmission interhumaine ou par l’intermdiaire des animaux de compagnie , a illustr Didier Hocquet.

 

Connatre les niveaux de rsistance par pays
Un outil europen interactif permet de connatre les niveaux de rsistance de neuf bactries vingt antibiotiques chez les humains et chez certains animaux indicateurs (ou aliments), pays par pays, en 2019 et 2020. Il montre par exemple, qu’en France, un type de bactrie, l’origine d’infection alimentaire, Salmonella Kentucky, prsente des rsistances plusieurs antibiotiques, notamment un niveau extrmement lev頻 (suprieur 70% des bactries signales) pour l’ampicilline, la ciprofloxacine, la ttracycline, le sulfamthoxazole et l’acide nalidixique.

 

Pour ce qui concerne les consquences de cette contamination, des chercheurs se sont penchs sur des donnes collectes en 2015 en Europe. Le fardeau estim des infections par des bactries rsistantes aux antibiotiques dans l’UE et l’aire conomique europenne est substantiel par rapport celui d’autres maladies infectieuses, et a augment depuis 2007 , indiquent-ils.

Des hot spot d’antibiorsistance cibler

Les conditions qui favorisent l’mergence de bactries rsistantes sont bien connues: un milieu pollu par des agents de slection comme les antibiotiques o se ctoient des bactries pathognes et des bactries autochtones. Par exemple, une rivire qui recevrait des effluents d’une industrie pharmaceutique productrice d’antibiotiques, mais galement de la station d’puration ou directement des effluents rejets sans traitement. Si le site sert dans le mme temps de lieu de baignade, le risque de contamination l’homme augmente. Nous avons majoritairement confi notre production d’antibiotiques la Chine et l’Inde, o les stations d’puration ne sont pas au mme niveau de normes qu’en Europe, a rappel Didier Hocquet. Or un problme de sant publique qui merge en Chine ou en Inde devient universel quelque temps plus tard. Une ralit que la crise de la Covid-19 a rcemment mis dans toutes les mmoires.

Il ne faut pas attendre d’avoir toutes les rponses pour commencer travailler, a donc estim Didier Hocquet. Le traitement des eaux uses est une priorit dans les pays bas revenus et intermdiaires. Il faut favoriser l’usage d’antibiotiques qui se dgradent vite, mais aussi travailler sur la matrise des rejets des industries pharmaceutiques. 

Et les rsidus de mdicaments restent une pollution lgale Ceci dans un contexte de consommation en hausse et d’un environnement hydrique sous tension en raison du rchauffement climatique (tiage des cours d’eau, dversoir d’orage, etc.). Si le monde de la science continue engranger des connaissances, les efforts de rduction de cette pollution, en revanche, progressent trs petits pas. Et les scientifiques s’interrogent sur la relle prise en compte de leurs rsultats et sur la faon d’amliorer les modalits pour son transfert. De nombreuses connaissances ont dsormais t accumules (constats et mthodes), qu’il faut convertir en actions dans un cadre intgr de gestion, depuis la mise sur le march jusqu’au traitement, en considrant tous les compartiments cologiques concerns , a interpel Pierre-Franois Staub.


















Article publi le 14 juin 2022



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